染色玛瑙的颜色不是玛瑙本身固有的，是人工的方法加入，且只是沉积在玛瑙孔隙内的颜色，一般可以从以下两个方面进行鉴别：
1.染色玛瑙与天然玛瑙的颜色色调不同，以前用有机染料染的玛瑙颜色与天然品差距大。有机染料颜色艳丽，而易退色，明显地呈现出“假色”。目前采用的无机颜料颜色更接近天然品，但只要认真观察也能找到区别。从常见的三种颜色观察区别如下：天然的红色玛瑙为正红色，“烧红”的也一样，颜色纯正，而人工染色的红色玛瑙则是人工加入铁离子化合物而呈的红色，这种红色常常有黄色调。蓝色玛瑙，天然产出品极少，多为一种宝石蓝的蓝色，并且常有不同程度的缠丝现象。而人工染色的蓝玛瑙由于加入了钴盐为紫罗兰色，即蓝中带有紫色调的颜色，极少数情况下出现有宝石蓝色的染色品，这需要通过进一步放大观察等测试手段来确定。绿色玛瑙的染色品与天然品颜色十分接近。但仔细观察天然品为葱心绿色，颜色柔和，而染绿色玛瑙为翠绿色，颜色也较艳丽。
2.由于染色玛瑙都是经色料浸泡、干燥而呈的颜色，色料沉积在玛瑙的孔隙中，在放大的条件下可以在裂纹和孔隙内找到不均匀的色点。一般用十倍放大镜即可鉴别，精细的染色品要在宝石显微镜下观察。由于玛瑙的价值有限，一般不采用大型仪器测试。
总之，玛瑙染色工艺是将着色剂配成液体，浸渗到无色玛瑙中，经热处理制的。用铬染色剂处理可染成绿色玛瑙，用钴染色剂处理可染成烧蓝玛瑙，天然红玛瑙经过“烧红”热处理改色，可使浅红玛瑙变为鲜红。无色玛瑙可以染成绿色、蓝色、红是饿及黑色等。绿是铬离子染成的蓝色钴离子染成的。染色玛瑙不仅颜色鲜艳，而且使原玛瑙中的色带、色环之间的界线变得十分模糊，颜色变地均一。
